Nhằm đáp ứng nhu cầu hội nhập, thực hiện theo Nghị quyết Đại hội Đảng lần thứ 6 Đảng Cộng sản Việt Nam, các doanh nghiệp trong mọi lĩnh vực bắt tay vào công cuộc đổi mới toàn diện về quản lý kinh tế, xóa bỏ tập trung quan liêu bao cấp và chuyển sang cơ chế thị trường theo định hướng Xã hội chủ nghĩa (XHCN). Không nằm ngoài quy luật, Bộ Giao thông vận tải cũng thực hiện đổi mới với việc cắt giảm biên chế khối hành chính sự nghiệp, chuyển chức năng quản lý kinh tế kỹ thuật trực tiếp xuống các doanh nghiệp và thành lập các doanh nghiệp mới.